結論から言えば二人は生きているよ

冒頭モノローグは、本編（８月１日）を経た後の新学期（9月１日）。
ラストから繋がる典道の追想、という解釈
なずなが水中を漂う、もしも玉が水面を走る。
重要なのは典道がなずなに追いつくという事。花火。物語の展開を暗示するシーンだね
「今日はもしも神社のお祭りと花火大会です」などのフラッシュバックも典道の心象風景
映画的にはこれから起こること、物語的には過去に起きたことの抽象化されたビジョン
演出上の言わば映画の『つかみ』

この解釈で言えば９月１日の時点で既にもしも玉は失われていて、時空は不可逆となっている
本編はこの冒頭の典道から発動した「もしも世界」とは言えず、新学期から巻き戻された世界ではない
よって、アバン→本編→アバン→本編→……、という無限ループする意味での解釈もあり得ない事になる
また本編自体は典道の回想でも無い。なずなや祐介たち、脇役達だけの描写がある事で分かるね

そして物語の終着点は、上の方で述べたOP直前「私も泳ごうかな。典道くん。」となる
つまりは結末（９月１日）が本編（８月１日）の前に配置されている
この構造が理解できれば、ラストの意味も見えてくると思う