自分や世界がどうなってもレイを助けたいという意味であって直接世界の崩壊を願ったとか自殺しようとしたとか全く違う様な・・・
それにシンジの願いで世界が崩壊したならレイも助かってないとおかしいし
世界は崩壊させるけどレイは助けないよみたいな都合のいい結果だとシンジの願いが叶ったことにはならないわけだし