まあここで言ってるのは
シンジはサルベージされて再構成された存在で
同様に綾波シリーズも情報がサルベージされて再構成された存在でしかないので
記憶の有無にしか違いはない訳で

自分は破滅させた記憶がなく、ミサト達に許容されない事に憤りを感じて綾波に逃げた
その逃げた先の綾波には自分(シンジと)の記憶がないとなれば、その存在を許容はしなかった

そしてカヲルという心情を何でも見透かしているかのように分かってくれる相手(クローン)に鞍替えをした

シンジというのは自分に対する甘い認識(記憶)だけしか許容しないという話だよ
相手の肉体的な構成物や性別が何だとかも関係ないからね、本当に何でもいいんだよシンジは