もうかなり昔のことでうろ覚えなのですが、
旧作でユイが人類が全滅するとわかっているのになぜエヴァを造ったのか、
という理由が新劇場版につながっていると思います。

たしか旧作でのユイは
【第一始祖民族によって？生命は死と新生を繰り返す運命なので、人間が使徒と戦ってもいつかは人類は滅ぶ、ということを知っていた。】
という設定だったと記憶しております。

なぜユイは人類が絶滅すると知っているのにエヴァを造ったのか？
それは「人類がいたという証を残すため。」、というセリフがあったと思います。

旧作では使徒にとっての神はアダムで、人間にとっても神はリリスですよね？
リリスの唯一の分身である初号機は旧劇場版で、量産機と共に起こしたサードインパクトで神となりました。
そしてサードを起こした後の神となった初号機は、そのまま石化して役目を終えました。

たしかユイのセリフで、
「神となり石化した初号機は、永遠にこの宇宙に残り続ける。」
「初号機の中には人間の魂（ユイのこと）が入っている。」
「初号機が存在し続けるということは、死と新生（リセット）を繰り返すこの宇宙に人類がたしかに存在した、という証を残すことができる。」
というようなニュアンスの説明をするセリフがあったと思います。