要石なのは物質としての椅子ではなく草太でしょ

津波で流されて3本足になった椅子が
常世に流れ着いて鈴芽大から小に渡される
(映画クライマックスの出来事)

→そのまま成長する鈴芽とともにあった椅子に
　草太がダイジンによって封じられ要石にされる
　(映画序盤の出来事)

→東京で大地震を起こさないために鈴芽が
　草太in椅子を要石として差し込む
　(映画中盤の出来事)

という流れになる(椅子の流れだけ追うなら)