知華さんの遺族は、業務上過失致死傷罪などで浦島氏ら抗議団体の関係者計7人を中城海上保安部に刑事告訴し、7月13日に受理されていた。11管は事故4日後の3月20日にも、ヘリ基地反対協議会の関係先を家宅捜索していた。

遺族は、同罪などで同校の西田喜久夫校長と当時の学年主任、引率教員2人の計4人も刑事告訴しており、7月25日には刑事告訴にもとづき、11管が同校を家宅捜索していた。

事故をめぐっては、2隻が出航した辺野古漁港に設置された防犯カメラに事故前後の状況が写っていたことが判明。生徒が次々と搬送される中、引率教員2人とみられる人物や平和丸船長とみられる男性が、生徒の安否確認などを行った形跡がないことが明らかになっている。11管は映像の解析も進めている。