そもそも「ここにいるよ」ってのが本編12話の焼き直しセリフなのに、いきなりほむらの中にいったとか解釈する根拠になってるのがな
円環に戻ったらここにいるよって結論になるのは当然の話

まどか「…1人じゃないよ。みんな、みんないつまでもわたしと一緒だよ。これからのわたしはね、いつでも何処にでもいるの。だから見えなくても聞こえなくても、わたしはほむらちゃんの傍にいるよ」