ほむらからまどかの記憶を消す為には魔法少女になる前にしないといけないっぽいんだよな

内容的にほむらの願いは「まどかとの出会いをやり直す(叶った部分)」と「まどかを守る自分になる(叶わなかった部分)」だから
改変後はまどかの存在する世界が何処にも無いから(叶う・叶わない)が反転して「まどか(の記憶)を守る自分になる」になったと考えるのが自然かも