マジレス
バロックワークスの目的は理想国家の建国
そのきもとなるのがエージェントの番号の小さい者が高い地位を得られるというコードネーム方式
この為表の仕事もコードネームを使用しないと建国した時に「俺の方が良い仕事していた」「俺の方が強い」と争いになる
かと言って同じコードネームを使用していれば裏で仕事を失敗した奴がいればクロコダイルが怪しいと海軍に一発でバレる
他にも海賊狩り以外にも汚いやらせる
海賊狩りしている連中がクロコダイルの目的をバラす危険また目的を知らないなら取り分をもっと寄越せと言い出す危険
それらを考慮すれば少しでも質問者より頭の良い人ならこんな事で理不尽と言いませんね