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現にWebコンパニオンでサイト運営している所って少ないでしょ。
そりゃ閉じたローカルネットワーク内では、多少セキュリティポリシー下げても
構わない面もありますので、Webコンパニオン使うメリットも大いにあるかとは
思いますが、セキュリティの事などを考慮すると、とたんにCDMLが複雑なもの
になってしまったり、トリッキーなスクリプト混ぜなきゃいけなくなったり…
かえって面倒な事になるのが現状です。
Webコンパニオンのどこが糞なのかってのは、比較的使い込んでいる人なら
分かっているはずですから下手な事はやらない。
（＊手を抜く訳では無く単に穴にならないようロジックに含めないようにしている）

MacOS 9.xまでを使って、さらにファイルメーカーのデータベースを公開したいと
思っている人なら、別途WebSTARなどのhttpdとWebFMを組み合わせると、かなり
高機能なサイトを手っ取り早く構築できる思いますよ。もちろん強力な
セキュリティも確保できますし、一日数万PVのサイトなら軽々こなせます。

あと個人的に嬉しいのは発足時の開発者が今のなお残り、首尾一貫したポリシーを
維持してくれている所も気に入っています。なかなか最近では珍しい事です。

まぁOS X使っていこうとしている人なら、素直にWebObjectsに移行して行くのも
日本語で読めるドキュメントも充実して来ていますから、正しい選択の一つに
なるんじゃ無いかとは思いますが…まだまだ複雑なものである事に疑いの余地はありません。