基本的にそう言う事は共用でするもんじゃ無いと思うぞ。
共用サーバなんてのは本当のROOT以外に、何故か何でも出来る(所謂、夜のroot)
輩が何人か居ると思って間違い無い。
そう言う奴に対してDBの安全を保障出来ないだろ？
そうなると、スクリプトの安全も勿論だが、寧ろ管理するOSの
勉強の方がずっと大事だと思う、実務レベルではね。
perlのスクリプトってのは安全なんだよ、標準関数が豊富だから
得体の知れない外部コマンドを使わなくていいし、perl自身が実行前に
権限のチェックを厳密にしてるからね。
それと通信経路の暗号化も大前提、今時SSLも使ってない所は誰も使わないよ。
いずれにしてもその調子で一通り動く物が出来ても多分穴だらけだと
思うから、一冊FW構築本なんかを読む事をお勧め。