CGI.pmでヘッダ出力できるよ。

#!/usr/bin/perl

use CGI;

$query = new CGI;
print $query->header(-charset=>'Shift_JIS');


おいらは最初にヘッダを出力しちゃってそれぞれの出力終了時にフッダの
サブルーチンに飛ばしてる。