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逆に教えてほしいんだけど、NECとか富士通、その他、いわゆる大手SIは
Java率高くないんですか？

NECは、とにもかくにもWebLogicベースというイメージもありますが。

互換性というのは、同じAppサーバーのWinとLinux版で動けば、とりあえずＯＫ
だと思ってます。
より性能の高い、J2EEサーバーが要望されたときは、最低限の工数で移植が
可能であれば問題ないと思います。
ホントに、Run Anywhereを信じるほどピュアじゃないし。商用appサーバーが、
差別化していく上では、MS的に、互換を崩して、他社を出し抜き、ユーザーを
囲い込むのは、ビジネスとしてあるべき姿だと思っています。

あと、有効か？と言う論点には、なんらかの判断基準が必要かと思いますが、
「使っていて、シェア向上に寄与している」だけではダメなんでしょうね。

とりあえず、ちゃんとクラス設計すれば、複数人開発で分担しやすく、
単体デバッグもやりやすく、確実で、最後に組み合わせると、ちゃんと動いてくれれば、
「オブジェクト指向らしく有効である」とは思ってて、
あとは、LinuxとWinで動けば、「Javaらしく有効」とか思ってるんですけど、
どうですか？