perlスクリプトのインタープリットにかかる時間を差し引いたとしても、
perl と c とでは速度差がある。

「わかりやすい Perl チューニングの話」
Perl の内部構造とパフォーマンス・チューニング
http://www.mikeneko.ne.jp/~lab/perl/tuning/

たとえばここに書いてあるように、Perl は変数に対していろいろ裏で
仕事をやってくれてるわけですよ。その仕事の中には、
いまやりたいことと直接必要ない処理もいろいろ入ってるわけです。

Ｃではプログラマが自前で面倒を見なきゃいけないが、
いま必要な処理に対して、最低限の仕事をすればいいわけです。

そこが、速度差として現れる。
変数に限った話ではなく、全般的にね。