> PHP.INI に記述された設定は、スクリプト内で変更できるのですか？
ini_set -- 設定オプションの値を設定する
string ini_set ( string varname, string newvalue)
だけど、全ての設定が変更可能ではなく、pathの設定とかは確か無理だったかな。

include_pathの設定は、カレント・ディレクトリに
<?php require_once '/full/path/of/PEAR.php'; ?>
とか、リンクを PEAR.phpと言う名前で置くことで対応。