Yomi-Searchのソースは配布されてますよね。
それをダウンロードして中を見ても、全く分からないということですか？
分からない原因は何でしょうか？
perlで書かれているがperl自体を知らないというのであれば、
perlを勉強するのが一番でしょう。
perlは知らないが他の言語なら分かるというのであれば、
perlのリファレンスを見つつ他の言語に書き直してみるのもいいかも知れません。
言語なんてどうでもいいんだ、ｵﾚはディレクトリ型サーチが何を目指しているのか知りたいんだ、
という場合は哲学への道を進んでみるのも手だと思います。
>>1に作りたいとあったので、まずperlなりphpなり必要な手段（言語）を身に付けるところから始めてみては如何でしょうか？