formmailのセキュリティホールがあると書いてあったけど、
それを修正する改造って、Ver3.41の場合445行目に

$mailto =~ s/\r\n|\r|\n|\,//g;
$email =~ s/\r\n|\r|\n|\,//g;
$subject2 =~ s/\r\n|\r|\n|\,//g;
$dat2=~ s/\r\n|\r|\n|\,//g;
$ver=~ s/\r\n|\r|\n|\,//g;

を入れれば大丈夫?