その後ちょっとググったところ
.nupkg DLして手動で直せ!という類似な話題を見つけました。。
http://stackoverflow.com/questions/33231293/installing-nuget-packages-to-custom-folder-in-a-project-in-visual-studio-2015

エリアを別プロジェクトにすることができるみたいなので
これを試してみますかぁ
http://arunendapally.com/post/how-to-use-a-mvc-area-in-multiple-applications