そりゃスゴイフルイ・シンキングってもんだ
むしろjsonさえあればどこでもサクッと環境を揃えられるのが
composerなりnpmなりbowerの強み（の一つ）でしょうに
マイグレーションも同じ目的
だからこそ実行順を保証するための日時が
ファイル名末尾ではなく先頭に必要なわけで

あとrsyncじゃなくgit使ったほうがいいぞ
同時に複数箇所を並行して修正とか「ここ一旦変えたものを見たい」とか絶対言われることのない仕事なら別だが
少なくとも.envが上書きされないように変な工夫とかしなくて済むし
gitプラグイン入れればSublimeの中からコミット&プッシュできるし
何かと捗るぞ