>>558
4年前にさくらVPS借りたけど、直近で覚えてるだけでも

・Javaの脆弱性対策
・Python2から3の変更
・Let's Encryptの仕様変更

など、yumで出来ない問題が発生したがな。
今後も何かしら発生するだろうし、
既存パッケージのままずっと運営し続けるのは無理だ