>>233にもあったが、"CGI"はどうよ？という質問だと、そのCGIの作りによるとしか言えん。
MySQLサーバ(データベースエンジン)を組み込んだCGIつうのもアリだし
#そもそもCGIという言葉を狭く解釈しすぎの気がする。本来の意味で宜しく

一般的なWebプログラマを想定すると下の通り

取り合えずPHPから関数でMySQLを使う場合
・PHP自身(PHPの独自ライセンス。但しPHP4の場合)
・PHPのMySQLエクステンション(PHPの独自ライセンス。これもPHP4に添付のもの)
・PHPのMySQLエクステンションで利用しているlibmysql
(TCX DataKonsult AB(現MySQL ABにあたる)の"public domain")

# libmysqlはv4のはGPL、v3.23のはLGPL(コマーシャルライセンスではないものの場合)
# これらのものはPHPではわざと使ってない。PHPの独自ライセンスとバッティングするため。
# 因みにPostgresの場合はlibpqになるのだが、こっちはBSDライセンス
# 確かに最新のv4でのGPLだと縛りがキツイが、そんな"GPLのMySQL"(の機能)を使って、
# "GPL以外の仕事"をするというのが、まちがっとろーがという気がする。
# 判りにくいlibmysqlのライセンス絡みの話は以下を参照
# http://www.mysql.gr.jp/mysqlml/msg.cgi?ml=mysql&id=5519

PHPの独自ライセンスでは
「PHP言語で作ったプログラムは、このライセンス下には置かれない」ので、
好きなようにしれつう感じ。つまりMySQL関係を使わん他のPHPのプログラムと同じ扱い。

PerlのDBIとかも、同じlibmysql使ってるんじゃないのかな？
もちろん独自に実装してるかも知れない。