臨機応変にテーマが分岐するという点では、ツリー型は
便利だと思います。
しかし、ツリーは基本的に拡散の方向へ向かうばかり。
一つのPOSTからたくさんの分岐が生まれて際限がありません。

このとき、問題の一つのなっているのは、新しく生まれた
議論の流れ（スレッド）が右方向に成長していることであって、
同テーマについては同階層での追加を基本とする、つまり
発言ではなくBBS自体をツリーに出来ないかと思いました。

もう一つは、常に一つのテーマを分析分割拡散というのが問題で、
ツリーの端と端に関連を見つけたのに、やむなく一方だけに投稿とか、
マルチポストか行ってしまうのは不便です。
それならば、上位に新たにトピックを作れないか、と思ったのです。
この場合、PERLトピと掲示板トピを選択して新規作成で、PERL掲示板
トピが生まれ、常に両方から移動できるようになります。
PERL掲示板トピとPHPを足して、CGI掲示板トピが生まれ、旧トピは
寂れるかもしれませんし、残るかもしれませんが、関連性は保存されます。

上位下位ともリンクは一段階のみですが、この上位下位はあくまで
そのトピックに対しての相対的な関係のみであって、ルートはありません。

あえて言うならば、リンクのないトピと目を引く分かりやすいトピを
集めたエントランスゲートを作ると良いでしょう。