>2037での一行さんの拒絶でナオミは「器によそから精神を持ってきて本人扱いする」事を過ちと認識した

こんな描写はされてなかったと思う
そういう解釈をすること自体が間違いだと思わないけど

自分はナオミが間違っていたのは直美にしっかりと説明をしなかった、
嘘をついたこと、騙したことだと思う。
だからこそ直美はナオミをぶん殴った
だけど、ナオミの行動理念は理解しているし、完全に間違ってるわけでないことも認識しているから
すぐに受け入れてまた協力し、そして最後まで助けようとしたんだと、自分は思った

ナオミがしっかりと説明し、最後どうしたいのかまで説明していたら直美は葛藤した後受け入れたんじゃないのかな
この世界は仮想世界に過ぎないし、リセットしたら消えてなくなるようなもの。しかし現実世界の一行さんを救う方法がある、と