たぶん衛星による高度計測システムのデータのせいだろう。
つまり、建物なんかがたまたまサンプリングされてしまうとそこが高い標高になっちゃんだよね。
だから新宿辺りとかビルが密集してるとこはどこでもボコボコしてる。