SEF2000ってゲームポート時代のゲームだから、せいぜい4ボタン+ハットくらいまでしか対応してないんじゃ
あの時代の多ボタンジョイスティックはキーボードエミュレーションが主流だし
JoyToKeyでジョイスティックにキーボード出力を割り当てればいいと思う